所有食品均含某些维持健康和生理机能的营养成分，但功能食品应该具有独特的生理活性和功效。在1984年，日本文部省就在“食品机能系统的解析的拓展”中强调食品的第三功能，使用功能食品这一名称，并推动国内广泛的研究；在民间，由企业组成了功能食品联络机构。就在1990年，有一种用低聚糖和维生素C配制的功能饮料“OligoCC”，当年销售达9000万瓶。

       1991年厚生省实施营养改善法，建立自愿申报审批的特定保健用品管理办法，把一部分功能食品纳入这一范畴，但规定必须是加工食品形式，如乳制品、谷物食品饮料、调味品、糖果等，不包括像药丸、胶囊、复合剂或其他类似于有特殊防病作用的食品，也不在其内，但功能性低聚糖配制的调整肠道帮助消化外，尚有控制血压、中和脂肪，补充矿物质，控制血糖，降低胆固醇，防龋齿等。据日本保健和营养协会(JHNFA)报道，1999年特定保健用食品销售总额1.824亿美元，其中用低聚糖作帮助消化的特定保健食品销售额8912万美元，占总销售额的4％。所使用的低聚糖品种有低聚果糖、大豆低聚糖、低聚木糖、乳果糖、乳酮糖、低聚半乳糖、低聚异麦芽糖等。所制食品有饮料、药、饼干、布丁、发酵乳、调味醋、巧克力等。截至1999年10月，特殊保健食品已批准171种，新近批准用功能性低聚糖配制具有双歧杆菌增殖调节肠道功能的品种有Nippon制粉用棉籽糖的汤类，Lotte用低聚木糖的糖果，EzakiGlico用乳果糖的饼干和糖果。

       在欧洲，功能性低聚糖不作为食品添加剂管理，作为食品配料广泛应用于各类食品，像Orafti低聚果糖成功应用于酸乳、饮料、乳酪、馅料、冰淇淋、焙烤、巧克力、糖果、肉制品等。如比利时的FYOS和西班牙市场的Sveltesse是含低聚果糖的乳饮料；荷兰市场的MusliNotenreep是含低聚果糖的米粉点心prculoDomo等公司生产的低聚半乳糖，由于其热稳定性好，能应用于乳制品，饮料、糖果、点心、冷冻甜点、面包、果酱、蜂制品、肉制品等，例如有低聚半乳糖2－4g/瓶和3－4g/100ml的清凉饮料、2－3g/100g的特制婴儿饼干，1－4g/100g的脆米饼等。

       在我国，虽然功能性低聚糖的工业化生产始自1996年，但经五年发展，已具有一定规模，年产3万吨左右。目前大部分作为食品配料使用，从绝对消费量来看，已和目标接近。在食品工业中的应用，我国较多地应用于含乳饮料，少量用于糖果、酒类，有一部分作为保健品或保健品的配料上市，有很多食品还没有涉及。总的来说，应用的品种较少，即使用得较多的饮料，在饮料行业中也是小品种。保健食品也是花色繁多，绝对用量较小的部门。和日本、欧洲比较，还有很多食品行业的应用尚待开发，要根据中国的国情，中国人的饮食习惯，向着能进入一日三餐的方便营养食品和满足社会不同人群特殊食品需要的方向去努力开拓。