第三代功能食品代表着未来功能食品的发展方向，将是21世纪发展的重点。要使我国功能食品的研究和生产达到、超过世界先进水平，必须要发展第三代功能食品。发展功能食品的关键是加强功能因子的构效、量效关系及其作用机理的研究。今后，我国功能食品的开发将以此为重心，其发展方向主要围绕以下功能食品功能性配料中功能因子的研究、功能食品功能性食品添加剂的研究与开发、功能食品产品及其原料的研究与开发共3个土要方面进行。主要包括:
大力开发特色功能因子
     开发特色功能因子是发展第三代功能食品的必然。这主要是由于这些功能性食品配料的功能因子大部分都是明确了构效关系的。从某种意义上说，大力开发有特色的功能因子将成为世界功能食品发展的强大技术支撑。
     根据功能因子的未来发展趋势，结合我国丰富的特色资源优势和一些领域内的技术优势，开发一些可以在未来国际市场上可占据有利位置的特色功能因子十分重要。近年来，我国对开发功能性食品配料已积累了不少经验。今后功能性配料的功能因子的开发重点应是以下几方面:
     (1)抗氧化功能因子。很多慢性疾病都与自由基和脂质过氧化损伤有关，因而开能具有抗氧化作用的功能因子正是时机。抗氧化功能因子如维生素E、β一胡萝卜素、过氧化物歧化酶(SOD)和茶叶中的茶多酚以及黄酮类化合物等。
  (2)肽类。肽类中的低聚肽(2^-5个肽)是功能因子中研究领域最活跃的种类之一。一些特殊的低聚肽类可提供人体所需的一些非必需氨基酸。将丰富的蛋白资源，经酶法降解得到可得到相应的肽，可能大幅度提高产品附加值。
     开发对人体健康发挥重要作用的外源性活性肽，主要包括大豆肽、降压肽、酪蛋白磷酸肽、高F值低聚肽及含低聚糖的活性肽等。肽类产品开发方向主要如下:
     ①高F值寡肽。高F值寡肽即是由动、植物蛋白酶解后制得的具有高支链屯低芳香族氨基酸组成的寡肽，以低苯丙氨酸寡肽为代表，具有独特的生理功能。高F值寡肽具有改善肝功能及抗疲劳等功能，可广泛用作保肝、护肝功能食品，也可用作消化酶缺乏患者的蛋白营养食品和肠道营养剂等。
     ②谷肽甘肽。谷肽甘肽过氧化酶是一种含硒酶，可消除脂类氢过氧化物。这种功能因子今后可应用于抗氧化作用的功能食品的开发。
     ③酪蛋白磷酸肽。酪蛋白磷酸肽(CPPs)是利用蛋白酶水解酪蛋白而制得的活性肽，促进钙铁吸收、促进生长发育、改善骨质疏松等。早在20世纪50年代，国外就开始了UPS的研究，今后，我国需在加强这方面的研究。
     ④降血压肽。具有一定降压肽的降压肽，即血管紧张素转化酶抑制剂是目前研究热点之一。利用酶法水解或有关合成法，研究者己从牛血浆蛋白、酪蛋白、玉米醇溶蛋白、胶原蛋白及大豆蛋白等原料中，分离出许多具有生物活性的降压肽。将实验室规模的降肽肽发展至规模化生产是一大发展方向。
     (3)大型真菌丝体。香菇、金针菇、灵芝、草菇、鸡纵、美味牛肝菌及冬虫夏草等的功能物质，即真菌丝体。这种物质对提高人体免疫、降血糖等多个方面都十分有益。在今后也是我国大力开发的功能物质之一。
     (4)免疫球蛋白。免疫球蛋白是婴儿和老年人健康所需的一种生理活性物质。正因为其与人体抵抗力有着直接关系，近年来已将其应用于食品加工中，加入奶粉中可制成高级母乳化奶粉，也可添加到适全中老年食用的功能食品中。
         (5)多不饱和脂肪酸。多不饱和脂肪酸主要是T一亚麻酸等，具有降低中性脂、胆固醇、血压、血小板凝聚力、血粘度的作用.。可用于预防高血脂、动脉硬化及心脑血管疾病，目前主要由鱼油提取。发酵法生产多不饱和脂肪酸扩大试验己获成功，主要是一种含油酵母菌。近来从海藻中提取多不饱和脂肪酸也排上了日程，主要是能解脱鱼腥味的困扰。
     (6)膳食纤维。食物纤维中的水溶性纤维，包括果胶、海藻酸等，具有抑制胆固醇、将络合重金属排除体外等作用。
     (7)微生态调节剂和自由基清除剂。主要包括酶类及非酶类清除剂。一些微生态调节剂中含有明确保护肠道屏障的功效成分，如类胡萝卜素、双歧生长因子和核酸类物质等功能因子，可增殖肠道益生菌、保护肠道粘膜、改善双歧杆菌厌氧生存环境、减轻氧自由基损伤。因此这些功能因子是今后的开发方向之一。
(8)开发可预防营养缺乏病和改善营养状况的功能因子，如锌、铁、钙及碘等。
(9)其他功能因子，如褪黑素、皂昔、叶绿素、黄酮类化合物、茶多酚、L一肉碱等。

大力开发功能性食品添加剂
     我国食品工业“十一五”发展规划中，将我国食品添加剂的发展方向定为“天然营养多功能，而且安全可靠”。即应用天然微生物发酵方法、生物催化与生物转化方法改造传统化学合成，来达到天然品质。目前，按生产方法分类，我国食品添加剂的生产方式主要有化学合成、生物合成、天然提取3种方法。生物合成的如谷氨酸钠、酵母等;天然提取的有天然色素、甜味剂等;生物合成的如谷氨酸、乳酸等。
     近年来，由于天然提取法制取的食品添加剂更具安全性和功能性，其产量呈上升趋势。不仅从天然物中提取的食品添加剂品种增加，同时一些用生物合成法生产的品种，也转为从天然物中提取。在这种大的国际趋势下，.今后，我国功能性食品添加剂的开发方向主要为以下几个方面。
         (1)功能性增稠剂。一些用胶类物质及其降解产物具有一定的生理活性。例如经分子化处理的海藻酸钾，经临床试验证明，具有一定的降压作用;黄原胶具有一定的抗氧化和提高免疫功能。此外，高甲氧基果胶可以降低胆固醇。上述这些物质是我国功能性增稠剂发展的方向。
         (2)功能性乳化剂。乳化剂能改变食品的口感、结构和功能。近年来发展较快的乳化剂主要有蔗糖脂肪酸酷、木糖醇脂肪酸醋及辛葵酸甘油酷等。其中辛葵酸甘油酯由于在肠道内易水解、吸收快，以及不在肝脏内积累等优点，发展看好。此外，辛葵酸甘油酯还因为它在体内吸收代谢速度快，不会引起肥胖，还可作为低能量的脂肪代用品。
     (3)功能性天然色素。近年来，一些不仅可增加食品色泽，同时还具有许多生理活性的天然色素成为开发热点。这些功能性色素主要有:具有一定降压作用的红花黄色素、具有一定降血脂作用的红曲色素、具有一定调节血脂作用的葡萄皮红色素、具有一定抗氧化作用的沙棘黄色素、具有保护视力作用的叶黄素。其中，叶黄素和红曲红色素的开发今后应作为发展的主要方向。
     (4)功能性甜味剂。国际上将甜味剂分为营养型的高倍甜味剂和营养型甜味剂两大类。高倍甜味剂分为化学合成和天然提取物两类。今后，我国天然高倍甜味剂发展的热点可以集中在既具有一定功能性的甜味剂，如甘草甜、罗汉果甜及甜菊甜等。
     营养型甜味剂主要发展集中在多元糖醇、木糖醇、麦芽糖醇等多糖类物质。这些物质通常具有不影响血糖值和防龋齿等功能。多元糖醇是由相应的糖加氢化合物，主要有木糖醇、甘露醇、赤藓糖醇、麦芽糖醇及氢化淀粉水解物等。由于多元糖醇在人体内的代谢途径与胰岛素无关，摄入后不会引起血液葡萄糖与胰岛素的大幅度波动，可应用于糖尿病人的特殊食品。多元糖醇不是口腔微生物的适宜作用底物，因此可应用于防龋齿保健食品。木糖醇是一种最常见的多元糖醇。它在体内代谢不需要胰岛素参与，能防龋齿，还可作为非肠道营养的能量来源，是多元糖醇中发展看好的一个品种。
开发适合不同人群的功能食品
     我国目前功能食品正在形成产业化。要有序发展这一产业，应解决目前存在的产品低水平重复的问题，开发真正适合未来市场需求的功能食品。针对不同人群开发不同的功能食品是今后我国功能食品发展的方向。今后的开发研究应该关注的方面如下:
     (1)适合老年人的功能食品
     我国人口老龄化现象加剧，研制适合老年人的功能食品十分迫切。适合老年人的功能食品的研制应根据老年人机能活力减退、生物效能降低、环境适应能力减弱等生理特点来开发。一般来讲，老年食品应具有一定的调节和改善人体生理和病理功能的作用，还应在营养、安全和感官上满足人体需要。今后，应开发出低钠、低胆固醇、低糖、低热量、高纤维及高蛋白的功能食品。
     (2)保护脑力劳动者视力的功能食品
     现代社会里，用电脑等电子办公设备进行工作的脑力劳动者日益增多，开发保护视力作用的功能食品发展前景看好。近年来发现高摄入叶黄素，能减少视网膜黄黄斑变性和白内障的危险。因此今后，可利用叶黄素等物质，运用先进的提取技术来开发保护视力的功能食品。其中，从万寿菊中提取叶黄素前景看好。
     (3)提高亚健康人群免疫力的功能食品
     高节奏的生活及工作使70%的现代人处于亚健康状态。利用我国特有中药资源，如铁皮石解、红景天等开发可提高免疫力的功能食品，是我国功能食品未来发展的优势所在。
     (4)针对运动人群的功能食品
     2008年将举办的北京奥运和全民健身运动的展开，’使我国研发的运动营养食品的种类和数量迅速增长。运动营养功能食品也渐成我国未来的一个发展趋势。根据不同的运动项目类型，运动营养功能食品分为基础补充类和专业提高类。
     在今后，我国须加大开发力度的运动营养食品主要有:基础补充类产品主要有可补充机体能量的能量棒及纯乳清蛋白粉等产品，可减少体重的减重棒产品，如纤维棒和魔芋棒等;专业提高类产品则包括可提高血色素的含铁类产品、促进三磷酸腺普(ATP)的肌酸产品、保障耐力和体力的谷氨酸产品等。
     其他功能食品，例如美容、防止骨质疏松的功能食品发展前景也较为广阔。
开发具有中国特色的功能食品
       功能食品起源于我国的食疗，在历代中医药文献中均可找到许多有关功能食品的初始概念的论述，这是我国功能食品发展的优势。随着中医药研究的深入，许多相关学科应运而生，这对功能食品中功能成分的测定、鉴别，以及明确和控制功能成分含量等起到了积极作用。
       在我国，可药食两用的植物数以千计，结合我国悠久的食疗文化和国际先进经验，开发出具有我国特色，以中药材为原料的功能食品十分可行。随着中药材的GAP基地的全面建立，生产过程的GMP规范的加强，整个中药功能食品将会得到飞速发展。在我国中药理论的基础上，结合现代加工提取技术，开发以铁皮石解、红景天、人参等中药材为原料的功能食品，是我国功能食品发展的主要方向之一。