2.1    功能食品市场将逐步扩大
随着经济的发展，人们生活水平提高，功能食品已成为人们生活中的一种追求，成为一种不可阻挡的食品新潮流。从市场调查资料看，目前保健品市场主要有3大消费群体：一是白领市场；二是银发市场；三是儿童市场。他们的购买力都非常强，因此市场发展空间很大，很多有商业眼光的企业家不断涉足这一行业。现在随着市场的不断规范和科技手段不断提高，功能食品管理也将逐步趋于完善和规范化。不同功能食品的消费群体将逐步形成。据资料统计，北京、上海、广州、天津几大城市中有93％的少年儿童、98％的老人、50％中青年都在用各类保健品。据专家预测，2010年我国功能食品的销售额可达1000亿元。
2.2    第三代功能食品是21世纪发展重点
2.2.1    功能食品要天然、安全、有效
功能食品长期食用应是无毒、无害，确保安全。因此，一个功能食品进入市场前先完成安全性检测，尤其是有些草药资源。国家做出明确规定，77种药食两用的动植物可做保健品的原材料。其次是有效，它是评价功能食品质量的关键前提。卫生部已专门制定有功能食品评价程序和方法。
2.2.2    重视功能食品的分子水平研究
应先从分子、细胞和器官水平上研究功能因子的构效关系、量效关系、作用机理和可能的毒性作用，积极研发第三代功能食品，这是今后我国功能食品的研究重点。其次是采用高新技术，从各种天然动植物资源中寻找和提取各种特殊功能因子。然后采用外加合成法生产第三代功能食品，并建立和发展检测各类功能因子的方法。
2.2.3    重视对功能食品基础原料的研究
特别是具有中国特色的基础原料，如银杏、红景天、人参、林蛙、鹿茸等。不仅研究其中的功能因子，还研究分离保留其活性和稳定性的工艺技术，包括去除原料中一些有害、有毒的物质。
2.3    更强调跨学科和跨国度技术交流与合作
功能食品科学已发展成为有别于传统的食品科学和营养的新学科，它涉及植物学、食品工程学、营养学、生理学、生化学、细胞生物学、遗传学、流行病学、分析化学等诸多领域。因此国外市场强调跨学科和跨国度的协作研究。我国功能食品的研究也将打破独立部门或独立专业的束缚，开展院校、科研机构和企业的联合研发进行深入系统的功能食品研究。
2.4    生物技术的运用、发展将使21世纪功能食品呈现  空前的大发展
基因工程、细胞工程、酶工程等生物技术将是21世纪功能食品的主要科技手段，它将使功能食品研究水平得到极大的提高和加强，使功能因子的阵营迅速扩大，功能更加专一、有效，推动功能食品出现新的热潮。如基因工程与发酵工程的结合可生产全新的目标菌种，不仅使产量和风味得到改进和提高，而且可以使原来从动植物中提取的各种食品添加剂如天然香料、色素等变成由微生物直接转化而来。